Şcoala Gimnazială nr. 49 s-a înfiinţat şi a fost dată în folosinţă la 1 septembrie 1957. Înfiinţarea şcolii răspundea unei necesităţi stringente clar exprimate în multe memorii adresate Ministerului Învăţământului de către locuitorii cartierului Vatra Luminoasă, majoritatea muncitori la Uzinele Malaxa.
În urma aprobării Ministerului Învăţământului, şcoala a fost construită de către Primăria sectorului 2 din surse bugetare, fiind alcătuită dintr-un singur corp cu parter şi două etaje.
Primul director al şcolii a fost doamna profesoară Elena Alexandrescu, venită de la Şcoala nr. 57, care, ajutată de doamna profesoară Sofia Drăghici, director adjunct, şi de primul colectiv de profesori a desfăşurat o energică şi meritorie activitate organizatorică şi administrativă pentru consolidarea noii unităţi de învăţământ.
Încă de la înfiinţare, şcoala a funcţionat cu trei clase paralele pentru fiecare an de studiu. Din cauza spaţiului restrâns (15 săli de clasă), activitatea se desfăşura în două schimburi: clasele primare – dimineaţa, clasele gimnaziale – după-amiaza.
Limbile străine studiate în şcoală au fost, la început, italiana şi franceza, apoi engleza şi franceza.
În perioada 2009-2011, localul școlii a fost reabilitat și extins cu șase săli de clasă și o sală de sport, prin programul BEI.
În anul 2022 s-a finalizat procesul de modernizare a școlii, început în urmă cu trei ani, în urma căruia toate sălile de clasă au fost dotate cu mobilier nou, computere și table inteligente.